La Réserve Spéciale Ambatovaky est représentatif des types de forêt dense humide sempervirente (FDHS) et assure la maintenance des stocks génétiques de plusieurs espèces floristiques et faunistiques endémiques de l’écorégion de l’Est ainsi que celle des espèces utilisées par les populations riveraines. Du point de vue fonction écologique, l’Aire Protégée (AP) d’Ambatovaky a une valeur économique potentielle. Le bloc forestier joue un rôle au maintien de l’équilibre écologique des espèces endémiques propres pour l’Aire Protégée.

Elle est sous couvert d’une végétation naturelle de forêt dense humide de basse et de moyenne altitude avec sa biodiversité originelle très riche et un taux d’endémicité important et quelquefois une végétation modifiée par l’action anthropique «savoka» et l’exploitation des ressources naturelles.