Appartenant à la fois à l’écorégion du Sud, de l’Est, du Centre et de la transition de Ranopiso, le Parc National d’Andohahela comprend différents types d’habitats : forêt dense humide sempervirente de basse altitude (300-800 m d’altitude), forêt dense humide sempervirente de moyenne altitude (800-1200 m d’altitude), forêt dense humide des hautes montagnes (1200-2000 m d’altitude), forêt de transition, forêt sèche et formations savanes.
Les études scientifiques menées dans l’ensemble d’Andohahela, ont montré la très grande importance de ce grand massif forestier en termes de biodiversité, justifiant sa classification comme Réserve Naturelle Intégrale lors de sa création.